De Publicatie

Het is alweer een beetje oud nieuws maar toch de moeite waard om te vertellen: ik ben tweede auteur van een wetenschappelijke publicatie die een paar weken geleden is verschenen in Science! De wetenschappers onder jullie zullen snappen waarom ik hier heel erg blij mee ben. Voor de niet-wetenschappers zal ik uitleggen wat dat inhoudt.

De resultaten van onderzoek worden pas echt waardevol als je ze publiceert in een wetenschappelijk tijdschrift, zodat andere onderzoekers ervan kennis kunnen nemen. Het schrijven van een artikel is lastiger dan je misschien zou denken. Je moet in een beperkt aantal woorden precies omschrijven wat je gedaan hebt, wat de resultaten zijn, en bediscussieren waarom het nieuw en belangrijk is. Gelukkig werk je er meestal met een groep mensen aan, en kun je elkaar helpen om alles precies te formuleren. Daarna stuur je het manuscript op naar een geschikt tijdschrift. Er zijn vele journals, elk met zijn eigen specialisatie en lezersgroep. Sommige tijdschriften zijn gespecialiseerd in een bepaald vakgebied, bv. kindergeneeskunde of microbiologie, of nog gespecialeerder (bv. kinder-gastroenterologie). De waarde van elk tijdschrift wordt vaak afgemeten aan de hand van de Science Citation Index, een soort score voor hoe vaak een artikel uit dat tijdschrift wordt geciteerd door een andere publicatie, de impact factor. Sommige journals hebben een index van bv. 1 (laag), andere hebben 20 (hoog). Iedereen wil natuurlijk graag in een “hoog” aangeschreven tijdschrift publiceren, dus die journals krijgen een hoop aanmeldingen, en ze moeten dus zeer streng zijn in hun selectie procedure. Die selectie heet peer review en het komt erop neer dat je manuscript wordt doorgestuurd naar anonieme reviewers, die er commentaar op kunnen leveren. Zij moeten de fouten er uit halen, kijken of er genoeg informatie in staat (vergelijking met andere publicaties, voldoende experimentele details, goede controle experimenten, etc), en beoordelen of het geschikt is voor het desbetreffende tijdschrift. Hoe hoger het tijdschrift in de Science Citation Index scoort, hoe strenger deze selectie in het algemeen is.

Science Magazine wordt, net als het Britse Nature, beschouwd als een heel goed tijdschrift. Het is heel breed en accepteert publicaties uit allerlei vakgebieden (natuurkunde, biologie, scheikunde, sterrenkunde etc). Het is dus geweldig dat ons artikel geaccepteerd is!

Ik ben “slechts” tweede auteur, mijn collega Paul is eerste. Hij heeft verreweg het meeste werk gedaan aan het opschrijven van de resultaten, maar we hebben samen de experimenten en analyse gedaan. Waar gaat het allemaal over? Doel van ons project was te onderzoeken welke bacteriën er in de darmen van gezonde mensen “wonen”. Je hebt 10 x meer bacteriën binnen in je lijf dan je eigen lichaamscellen. Een beetje eng idee maar dit zijn “goede” bacteriën, die je helpen bij de spijsvertering, en je beschermen tegen ziekteverwekkers. Er was door andere mensen in het verleden ook gekeken naar de samenstelling van de darmflora, maar dat was met kweekmethoden. Ons onderzoek is gedaan door te kijken naar het DNA van de bacteriën, zodat we ook bacteriën die moeilijk te kweken zijn, konden analyseren. Het doen van de experimenten was niet eens zoveel werk, maar we hebben allebei maanden achter de computer gezeten om de data te analyseren! Niet alleen moesten we alle DNA sequenties met elkaar vergelijken, we moesten ook nieuwe programma’s leren, en statistiek toepassen. Dat valt niet mee voor Eliesje, die zich niet zoveel meer van statistiek kon herinneren. Wat is een Chi-square toets in hemelsnaam? En principal component analysis…. Oei.

Uiteindelijk hebben we de hulp van de afdeling statistiek van Stanford ingeroepen, en met hun hulp konden we bewijzen dat de drie patienten die we hebben geanalyseerd alledrie heel verschillende bacteriën in hun darmen hebben, maar dat binnen 1 persoon de samenstelling van de flora heel constant is.

Stanford heeft over onze publicatie een persbericht uitgebracht, waar je nog meer over ons onderzoek kunt lezen (in het Engels; met een hele enge foto van Paul). Ook de Mercury News heeft er een artikeltje aan gewijd (sorry, deze link doet het niet direct, je moet eerst registreren).

Ik kan je hier niet ons hele artikel laten zien, want Science wil natuurlijk graag dat je daar voor betaalt. Copyright en zo. Maar hier is een stukje van de eerste pagina (hoop dat dat wel mag).



En ik kan je ook het Science issue van 10 juni 2005 laten zien, waar onze publicatie in staat. We zijn in de special “Women’s Health” terechtgekomen, vreemd genoeg (weer zo'n rare foto). We hadden eigenlijk in de Darm-special moeten staan in maart, maar door vertraging in het peer review proces hebben we dat helaas niet gehaald. Maar we mopperen niet, hoor. Laat de champagne kurken maar knallen!