Alweer een promotie

Afgelopen maandag was de promotie van Chana, een graduate student (promovenda) waar ik al een paar jaar mee samenwerk. Chana werkt niet in ons lab (Relman) maar in het lab van Pat Brown. Pat is een van de "uitvinders" van de microarray, een klein stukje plat glas (ca. 5 bij 2 cm) waarop tienduizenden stukjes DNA op kunnen worden geprint. Je kunt op deze manier heel veel testen tegelijk uitvoeren.

Microarrays worden daarom nu veel gebruikt in de moleculaire biologie. Er kan mee worden bepaald welke varianten van een gen iemand heeft, om te kunnen bepalen of iemand bv. een groter risico heeft op een bepaalde vorm van borstkanker, maar je kunt er ook mee kijken welke genen "aan" of "uit" staan, en daarmee bloed van patienten vergelijken met dat van gezonde mensen. De toepassingen zijn bijna eindeloos.

Ons lab en dat van Pat hebben de afgelopen tijd gewerkt aan een microarray om te kunnen bepalen welke bacterien er in een patientenmonster (bv. bloed, ontlasting) zitten. Daar is natuurlijk grote behoefte aan, omdat je in 1 klap heel veel bacterien tegelijkertijd kunt opsporen.

Chana heeft daar de afgelopen jaren aan gewerkt, als haar promotieonderzoek. Ze heeft vooral veel computerwerk gedaan, programma’s geschreven om de juiste stukjes DNA te ontwerpen voor op de microarray. Ik heb haar geholpen met het praktische gedeelte van haar onderzoek, omdat ons lab een grote bacterie-collectie heeft en veel ervaring in het opzuiveren van patienten-materiaal. Op de onderstaande foto zie je 1 van onze micrarray plaatjes, waarin elk rondje een bepaald stukje DNA is dat oplicht (groen of rood) als die bacterie in het test monster zit.



Twee maanden geleden is onze eerste wetenschappelijke publicatie over dit onderwerp uitgekomen, in Nucleic Acids Research, met Chana als eerste auteur. Het artikel is zelfs opgemerkt door de Faculty of 1000, een site waarin wetenschappers elke week de beste en interessante publicaties uitzoeken (het kost geld om op deze site te kijken, maar via een universiteit kun je er misschien wel bij).

Inmiddels is er een tweede, verbeterde versie van de microarray uitgekomen, en hebben we deze getest op “echt” materiaal. We besloten om te kijken welke bacterien er in baby poep voorkomen. He bah, ome Willem. Ja, dat klinkt vies, maar het is eigenlijk heel leuk, tenminste als je wetenschapper bent!

Ik zal er een andere keer wel meer over vertellen – anders wordt het weer zo’n lang verhaal. Maar ik zal alvast verklappen dat ik het afgelopen jaar zo’n 500 poep monsters heb ontvangen, en daar het DNA uit heb geisoleerd. Dat is dan weer op 500 microarrays geanalyseerd. Een enorme data set dus, waar Chana mee aan de slag kon.

Maandag was haar promotie. In december schreef ik al dat een promotie hier op Stanford niet zo feestelijk is al in Nederland, het is meer een voordracht, en de echte verdediging is niet openbaar. Er worden geen proefschriften uitgedeeld. De thesis hier in de VS is gewoon een pak papier, dat alleen naar de wetenschappelijke commissie leden wordt gestuurd. Ik heb zelfs geen kopie gekregen, wat ik betreur. Maar het was wel leuk om bij haar praatje te zijn, omdat ik zo nauw met dit onderzoek betrokken ben geweest.

Binnenkort hopen we er een mooi wetenschappelijk artikel over te schrijven, en als dat geaccepteerd is zal ik er meer over schrijven in deze blog.